Nel periodo seguente la caduta dell'Impero romano, (476d.C.) la parte della Liguria a sud dello spartiacque appenninico rimase esente dalla dominazione barbara e soltanto nel 641 furono saccheggiati e distrutti dal re dei Longobardi Rotari, oltre a Genova, i paesi e i porti più fiorenti della riviera, e quindi anche Recco. Si suppone che gli abitanti della valle nel periodo precedente la conquista romana fossero alleati dei Cartaginesi e che il cristianesimo sia arrivato in queste zone a partire dal I secolo d.C. diffuso ad opera di Nazario e Celso, che cominciarono a diffondere la nuova religione a Genova nell'anno 68; in precedenza ritrovamenti archeologici fanno supporre che si adorasse Mitra ossia il sole.

La storia di Recco e Uscio, come già ricordato, inizia ad essere nota a partire dalla seconda metà del VI secolo. Nel 570 per sfuggire alla ferocia dei Longobardi, il vescovo di Milano con parte del clero e del patriziato milanese si stabilì a Genova dove per concessione dell'imperatore Giustiniano I ottenne il controllo diretto, spirituale e temporale, delle popolazioni che abitavano le valli di Recco, Rapallo e l'alta Val Fontanabuona. I vescovi di Milano rimasero a Genova fino al 647, in questa data S. Giovanni Bono decise di riportare a Milano l'antica diocesi di S. Ambrogio. Da questo momento in poi l'autorità del vescovado venne rappresentata dagli "avvocati" ai quali i valligiani pagarono decime e tributi fino al 1250, in tale data furono sostituiti dai podestà. Quando nel 1133 la diocesi di Genova divenne indipendente i tributi fino ad allora pagati dalle quattro Pievi di Recco, Uscio , Camogli e Rapallo, vennero rivendicati dall'arcivescovo genovese e le controversie si protrassero per più di un secolo. Nel frattempo, però, gli avvocati dei due contendenti divennero sempre più esosi finendo così per soppiantare quasi interamente l'autorità dei vescovi. Verso la fine dell' XI secolo, all'antico regime ecclesiastico succedette la marca genovese formata dalle quattro Pievi suddette che divenne feudo di potenti famiglie quali gli Estensi, i Malaspina, i Fieschi, i Doria, gli Avvocati, gli Embrici, ed altri ancora. Nel 1190 i genovesi ottennero dall'imperatore Federico Barbarossa l'estensione del loro dominio su tutta la Liguria (da Monaco a Portovenere). Fu nominato un podestà comune per tutta la valle con il compito di amministrarla e riscuotere i tributi ma i Fieschi rimasero ancora a lungo a reclamare i loro diritti non solo sull'entroterra di Recco ma anche su buona parte della Val Fontanabuona.

Nel comune di Uscio si possono ancora notare tracce di questa antica famiglia distrutta dai Doria nel 1547 dopo la fallita congiura architettata da Gian Luigi il giovane. A testimonianza della loro potenza rimane il nome di una località, detta "Castello vecchio", prossima al passo delle Casette. Quest'ultimo costituiva il tragitto principale tra la valle di Recco e la Val Fontanabuona fino alla seconda metà del XIX secolo quando, con la costruzione della strada statale che oggi congiunge i centri di Recco e Gattona, venne progressivamente abbandonato.

Rimangono poi i ruderi di un fortino presso il monte Tuggio che, costruito dai Fieschi a difesa del passo della Spinarola, divenne dominio della Repubblica di Genova dal 1366 non senza essere stato per qualche tempo in potere dei Fregoso. Anche nella frazione di Calcinara doveva esistere una torre di difesa come si desume da un documento del 1238 e dal nome "torre" che conservano i ruderi di una vecchia casa posta su quel valico. A conferma di tale ipotesi sul finire degli anni '20,durante i lavori di restauro di una casa contigua alla "torre" , fu ritrovato un antico battente con incisa la data 1414 e uno stemma. In questo periodo la valle di Recco fu spesso teatro di aspri scontri non solo fra i Fieschi, i Campo Fregoso e la Repubblica o fra gli Adorno e i Doria, ma anche ad opera dei Saraceni che ripetutamente saccheggiarono e incendiarono la cittadina di Recco.Divenne tristemente famoso il trattamento operato da un certo Antonio Paravagna agli abitanti di Uscio quando nel 1411 comandava il forte di monte Tuggio.

Nella seconda metà del XV secolo molti abitanti del paese si trasferirono a Genova dove trovarono occupazione nel porto o nelle nascenti fabbriche e alcuni di loro figurarono fra i capi della rivoluzione popolare del 1506 contro i francesi. Al contrario nel secolo seguente gran parte della popolazione di Recco si rifugiò sulle alture per sfuggire alle aggressioni turche che diventavano sempre più frequenti; questo processo portò ad un incremento della popolazione che nel 1520 poteva essere stimata in: 374 fuochi per il paese di Avegno, 38 per Salto, 59 per Terrile e 68 a Uscio. Si può presumere che alla fine del secolo fosse presente soltanto la metà della popolazione indicata a causa delle falcidie dovute alla peste che colpì questa zona nel 1579-80. Nel 1606 la repubblica di Genova sostituiva un Capitano al Podestà di Recco, come peraltro era già avvenuto a Chiavari; la sua nomina divenne definitiva trenta anni dopo quando fu aggiunto un consiglio costituito da 12 membri scelti dal senato, che avevano il compito di aiutarlo nell'amministrazione locale. La carica di Capitano era annuale così come per i componenti del consiglio; questo ordinamento rimase fino al 1797 quando cadde la Repubblica di Genova.

La storia della valle di Recco in questi due secoli di capitanato si confonde interamente con la storia della repubblica di Genova, così i Recchesi e i contadini di Uscio, come tutti gli altri liguri, seguirono le sorti, liete o avverse, della loro piccola patria. Con la nascita della Repubblica ligure il capitanato di Recco fu trasformato in uno dei diciassette distretti della nuova entità geopolitica e, in seguito, unito al distretto del Bisagno. Nel 1799 il numero dei distretti aumentò e in essi fu incluso anche quello di Recco con il nome di Giurisdizione della frutta ciò testimonia l'importanza che tale produzione aveva all'epoca. Nello stesso periodo venivano istituite le municipalità o cantoni di Avegno e Uscio distinte da quella di Recco ma tutte e tre dipendenti dal commissario della giurisdizione.

Con il primo gennaio 1815 la Repubblica di Genova diveniva parte del regno di Sardegna e i cantoni si tramutavano nei comuni attuali sempre raggruppati nel mandamento di Recco.